Западна Морава, са својим препознатљивим меандрима и комплексом језера представља најважнију хидролошку компоненту подручја. Овчарско-кабларска клисура обухвата 14 км речног тока Западне Мораве. Преграђивањем тока Западне Мораве са две бетонске бране настала су акумулациона језера Међувршје и језеро Овчар. У водама заштићеног подручја евидентирано је 34 врсте риба из 9 породица. Од укупног броја регистрованих врста, њих 28 спада у изворну фауну риба овог подручја, док је 6 врста интродуковано (sivi tolstolobik, babuška, amur, amurski čebačok, sunčica, američki somić). Ова језера су од вајкада позната као атрактивна места за риболов и богата су пре свега шаранским врстама риба. Најзаступљени шаранске рибе су: шаран, бабушка, деверика, скобаљ и друге. Поточна пастрмка присутна је у заштићеном подручју једино у Бањском потоку. Овај водоток, дужине 5 км, је у 2012. години порибљен са млађи пастрмке и уведен је посебан мониторинг како би се осигурао опстанак ове врсте на подручју Овчарско-кабларске клисуре.

Врсте чије су популације раније биле бројне и широко распрострањене у водама клисуре, а данас су присутне само у траговима или су у потпуности ишчезле су: лињак (Тинца тинца), црвенперка (Scardinius erythrophthalmus), велики вретенар (Zingelzingel) и манић (Lota lota). Крајем двадесетог века, интензивним риболовом, неадекватним порибљавањем и променом услова животне средине значајно су поремећени еколошки односи у водама Овчарско-кабларске клисуре, што је и довело до опадања бројности и нестанка ових риба. Лињак и велики вретенар су угрожене и строго заштићене врсте у Србији, за које су потребни посебни програми заштите ради осигуравања њиховог опстанака.














